Το Π.Μ.Σ. «Σπουδές στην Ιστορiα, την Πνευματικότητα και την Τέχνη του Αγίου Όρους» διαρθρώνεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα και αφορά ένα πλήρες πρόγραμμα φοίτησης 90 πιστωτικών μονάδων (ECTS). Στο Α΄ εξάμηνο διδάσκονται δύο (2) Υποχρεωτικά (Υ) Μαθήματα (κοινά για όλες τις ειδικεύσεις) και ένα (1) Υποχρεωτικό Επιλογής (ΥΕ). Στο Β΄ εξάμηνο διδάσκονται τρία (3) μαθήματα Υποχρεωτικά Επιλογής (ΥΕ) για κάθε ειδίκευση. Στο Γ΄ εξάμηνο οι φοιτητές/-τριες εκπονούν τη Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Μ.Δ.Ε.).